Lo malo es que la versión de Zend Framework no siempre es actual, ya que Zend Studio toma la versión vigente de Zend Framework al momento de la publicación del software, así tenemos que la última versión  de Zend Studio 5.5.1 traiga Zend Framework 1.0.3 cuando la versión vigente es una superior.

¿Cual es sería la solución?

Es bien simple, cuando el Zend Studio se instala, crea una carpeta dentro de su directorio raíz donde guarda dicho Framework, así que solo tenemos que reemplazar esta carpeta con la versión mas reciente del Framework.

Paso 1
Descargamos le versión más actual del Zend Framework http://framework.zend.com/download.

Paso 2
Descomprimimos el archivo bajado en cualquier ubicación de nuestro disco, la estructura de los directorios será mas o menos así:

Luego copiamos la carpeta Zend

Paso 3
No dirigimos a la ubicación donde se instalo Zend Studio y donde guarda el Framework, en mi caso es la siguiente ruta:
C:\Program Files\Zend\ZendStudio-5.5.1\bin\ZendFramework\library en el cual aparecerá una carpeta llamada Zend lo renombrados y le ponemos de nombre old

Paso 4
Pegamos la carpeta que copiamos, luego cerramos y volvemos a abrir el Zend Studio y ya podremos trabajar con las nuevas funcionalidades del Framework.