Este error afecta a hasta la versión Zend Framework 1.6.1 y aun tampoco se ha solucionado en la versión de desarrollo.

Veamos un ejemplo

class TestController extends Zend_Controller_Action
{
	function indexAction ()
    {
		$this->view->addHelperPath('Zend/Dojo/View/Helper/', 'Zend_Dojo_View_Helper');
		$form = new Zend_Dojo_Form();
		$form->addElement(
		    'CheckBox',
		    'checkboxValue',
		    array(
		        'label'        => 'Label',
		        'checkedValue' => 'checkedValue',
			'uncheckedValue' => 'notCheckedValue',
		    )
		);

		$form->addDecorators(array('FormElements', 'Form'));
		$this->view->form = $form;
	}
}

Esto produce el siguiente HTML:

<!-- Erroneo//-->
<input name="checkboxValue" type="hidden" value="0" />
<input id="checkboxValue" name="checkboxValue" type="checkbox" value="notCheckedValue" /> 

Pero debería generar el siguiente HTML

<!-- Debería producir//-->
<input name="checkboxValue" type="hidden" value="notCheckedValue" />
<input id="checkboxValue" name="checkboxValue" type="checkbox" value="checkedValue" /> 

Esto genera que los datos siempre se envíen vacíos, quiere decir si marcamos el checkbox este llegará vació, como si no lo hubiésemos marcado.

Solución
Aun no existe un parche oficial para este problema, pero si queremos seguir trabajando podemos editar el helper del checkbox ubicado en Zend/Dojo/View/Helper/CheckBox.php y agregar una pequeña línea de código para solucionarlo, hasta esperar que corrijan dicho problema.

Hay que agregar lo siguiente $checkedOptions = $attribs['options']; después de la línea 74

 public function checkBox($id, $value = null, array $params = array(), array $attribs = array(), array $checkedOptions = null)
    {
        // Prepare the checkbox options
        require_once 'Zend/View/Helper/FormCheckbox.php';
        $checked = false;
        if (isset($attribs['checked']) && $attribs['checked']) {
            $checked = true;
        } elseif (isset($attribs['checked'])) {
            $checked = false;
        }
		//Linea Añadida < -----
	    $checkedOptions = $attribs['options'];

        $checkboxInfo = Zend_View_Helper_FormCheckbox::determineCheckboxInfo($value, $checked, $checkedOptions);
        $attribs['checked'] = $checkboxInfo['checked'];
        if (!array_key_exists('id', $attribs)) {
            $attribs['id'] = $id;
        }

        $attribs = $this->_prepareDijit($attribs, $params, 'element');

        // strip options so they don't show up in markup
        if (array_key_exists('options', $attribs)) {
            unset($attribs['options']);
        }
//.............

El equipo de Zend ya esta haciendo un seguimiento a este problema y pronto tendremos la solución:

Aquí pueden ver la respuesta a mi pregunta sobre dicho error
http://www.nabble.com/Error-Zend_Dojo-CheckBox-td19910115.html

Issue Tracker
http://framework.zend.com/issues/browse/ZF-4274